enklendirilmiş bir elektron mikrografında hücre içine DNA'sını enjekte etmekte olan bir T4 bakteriyofajı

Bakteriyofaj (bakteri ve Yunanca phagein, 'yemek' fiilinden türetme), bakterileri enfekte eden bir virüstür. Terim genelde kısaltılmış hali olan faj olarak kullanılır.
Ökaryotları (hayvan, bitki ve mantarları) enfekte eden virüsler gibi fajlarda da büyük bir yapısal ve işlevsel çeşitlilik vardır. Tipik olarak proteinden oluşan bir kabuk ve içinde yer alan genetik malzemeden oluşurlar. Genetik malzeme DNA veya RNA olabilir, ama genelde 5 - 500 kilo baz çifti uzunluğunda çift sarmallı DNA'dan oluşur. Bakteriyofajlar genelde 20 ila 200 nm arası büyüklükte olurlar.
Fajlar her yerde mecutturlar ve bakterilerin yaşadığı ortamlarda, örneğin toprakta veya hayvan bağırsaklarında bulunabilirler. Faj ve diğer virüslerin en yoğun doğal kaynaklarından biri deniz suyudur. Deniz yüzeyinde mililitrede 109 etkin faj taneciği (virion) bulunmuştur ve deniz bakterilerinin %70'i fajlar tarafından enfekte olmuş olabilirler.

Tarihçe
1913'te Britanyalı bakteriyolog Frederick Twort bakterileri enfekte edip öldüren bir etmen keşfetmiş ama konuyu daha fazla takip etmemiştir. Fransız-Kanadalı mikrobiyolog Felix d'Hérelle 3 Eylül 1917'de "dizanteri basilinin düşmanının, görünmez bir mikrobunu" keşfettiğini açıklayıp ona bakteryofaj edını verdi.

Çoğalması
Bakteriyofajların litik veya lizogenik hayat döngüleri olabilir, bazılarında her ikisi de olur. T4 fajı gibi öldürücü fajlarda görülen litik döngüde virionun çoğalmasının hemen ardından konak hücre parçalanır ve ölür. Hücre ölür ölmez virionların kendilerine yeni bir konak bulmaları gerekir.
Lizogenik döngü, buna tezat olarak, konak hücrenin parçalanmasına neden olmaz. Lizogenik olabilen fajlara ılımlı fajlar (temperate phage) denir. Viral genom konak genoma dahil olur ve oldukça zararsız bir şekilde onunla beraber eşlenir. Konak hücrenin sağlığı yerinde olduğu sürece Virüs sessiz bir şekilde varlığını sürdürür, ama konağın şartları bozulursa, örneğin besin kaynaklarının tükenmesi durumunda, endojen fajlar (profaj olarak adlandırılırlar) etkinleşirler. Bir çoğalma süreci başlar, sonucunda konak hücre parçalanır. İlginç bir şekilde lizogenik döngü konak hücrenin çoğalmasına izin verdiği için hücrenin yavrularında da virüs varlığını devam ettirir.
Bazen profajlar inaktif oldukları dönemde bakteri genomuna yeni işlevler kazandırarak konak bakteriye fayda sağlarlar, bu olguya lizogenik dönüşüm (lysogenic conversion) denir. Bunun iyi bilinen bir örneği Vibrio cholera 'nın zararsız bir suşunun bir faj tarafından enfekte edilerek kolera hastalığı etmenine dönüşümüdür.

Bağlanma ve Giriş

Bacteriophage.jpg
Renklendirilmiş bir elektron mikrografında yanyana dizilmiş bakteriyofajlar

Konak hücreye girmek için bakteryofajlar bakterinin yüzeyindeki özgül reseptörlere bağlanırlar, bunlar arasında lipopolisakkaritler, teikoik asitler, proteinler sayılabilir. Bu nedenle bir bakteryofaj ancak bağlanabileceği reseptörler taşıyan bakterileri enfekte edebilirler. Faj virionları kendiliklerinde hareket etmediklerinden dolayı kendi reseptörleriyle solüsyondayken rassal olarak buluşup bağlanırlar.
Karmaşık bakteryofajlar, örneğin T-çift fajları, genetik malzemelerini hücrenin içine enjekte etmek için şırınga benzeri bir hareket kullanırlar. Uygun reseptörle temas kurduktan sonra kuyruk lifleri taban plakasını hücre yüzeyine yaklaştırırlar. İyice bağlandıktan sonra, kuyruk büzülür, bu da genetik malzemenin dışarı itilmesine neden olur. Bazı fajlar nükleik asiti hücre zarından içeri iter, bazıları hücre yüzeyine birakır. Başka yöntemlerle genetik malzemlerini içeri sokan bakterifajlar da vardır.

Protein ve Nükleik Asit Sentezi
Kısa süre, bazen dakikalar içinde, bakteri ribozomları viral mRNA'nın proteine çevirimine (translasyonuna) başlarlar. RNA-fajlarında RNA-replikaz bu sürecin başlarında sentezlenir. Erken sentezlenen proteinler ve virionla gelen bazı proteinler bakterinin RNA polimerazını modifiye edip onun viral mRNA'yı tercihen çevirmesine neden olabilirler. Konağın kendi protein ve nükleik asit sentezi de bozularak viral ürünlerin sentezine yönlendirilir. Bu ürünler ya hücreyi parçlamaya yarayacaklaklar, ya yeni virionların oluşmasına yardımcı olacaklar veya yeni virionları oluşturacalardır.

Virion Oluşumu
T4 fajları durumunda yeni fajların inşası özel yardımcı molekülleri gerektiren karmaşık bir süreçtir. Önce taban plakası oluşur, kuyruk onun üzerinde büyür. Kafa kapsidi, ayrı olarak oluşup kendiliğinden kuyruk ile birleşir. Henüz bilinmeyen bir şekilde DNA kafanın içine sıkı bir şekilde yerini alır. Bütün süreç yaklaşık 15 dakika alır.

Virionların Salınımı
Fajlar ya hücre parçalanması (lizis) veya salgılanma yoluyla salınırlar. T4 fajları durumunda, hücre içine girmelerinden 20 dakikadan biraz sonra hücre parçalanması yoluyla sayıları 300'ü bulabilen faj salınır. Bunun gerçekleşmesi, hücre duvarındaki peptidoglikanı parçalayan endolizin adlı enzim sayesinde olur. Bazı virüler ise parazite dönüşüp konak hücrenin sürekli olarak yeni virüs tanecikleri salgılamasına neden olabilirler. Yeni virionlar hücre zarından tomurcuklanarak koparlar, beraberlerinde hücre zarının bir kısmını da götüren bu fajlar örtülü virüse olarak ortama salınırlar. Salınan virionların her biri yeni bir bakteriyi enfekte edebilir.

Faj Terapisi

Faj-model.jpg
Bir bakteriyi enfekte etmek üzere ona bağlanmakta olan bakterilerin şematik gösterimi

Keşiflerinin ardında fajlar anti-bakteriyel etmen olarak denenmişlerdir. Ancak antibiyotikler keşfedilince bunların fajlardan daha kullanışlı oldukları görülmüştür ve Batı'da faj tedavisi üzerine yapılan araştırmalar bırakılmıştır. Bun karşın Sovyetler Birliği'nde 1940'lardan beri antibiyotiklere alternatif olarak kullanımı devam etmiştir.
Bakteri suşlarında doğal seleksiyon yoluyla antibiyotik direncinin oluşması bazı tıbbi araştırmacıları faj tedavisini antibiyotik tedavisine bir alternatif olarak tekrar değerlendirmeye sevketmiştir. Antibiyotiklerden farklı olarak fajlar, milyonlarca yıldır süregeldiği gibi, bakterilerle beraber evrimleştikleri için, sürekli bir direncin oluşma olasılığı yok sayılabilir. Ayrıca, etkili bir faj, özgül bakterisini tamamen bitene kadar enfekte etmeye devam edecektir.
Belli bir faj genelde ancak belli bir bakteri tipini enfekte edebildiği için, ki bu birkaç bakteri türü olabileceği gibi bir türün sadece bazı alt türleri de olabilir, bakteri tipinin doğru tanımlandığından emin olmak gerekebilir, bu da 24 saat sürebilir. Faj terapisinin bir diğer avantajı başka bakterilere zarar gelmeyeceğinden dar spektrumlu antibiyotik terapisine benzemesidir. Ancak, sıkça olduğu gibi, birden fazla bakterinin beraberce neden oldukları enfeksiyonlarda bu bir dezavantaj oluşturabilir. Bakteryofajların bir diğer sorunu vücudun bağışıklık sisteminin saldırısına uğramalarıdır.
Fajlar enfeksiyonla doğrudan temas durumunda etki gösterirler, onun için açık bir yaraya uygulanmaları en iyi sonuç doğurur. Sistemik enfeksiyonlarda bu pratik olarak mümkün değildir. Sovyetler birliğinde diğer tedavilerin çalışmadığı durumlarda gözlenen başarılı sonuçlara rağmen çoğu araştırmacı faj terapisinin tibbi bir geçerliliğe ulaşacağına şüphe ile bakmaktadır. Faj tedavisinin etkinliğini belirlemek için büyük ölçekli klink testler yapılmamıştır ama antibiyotik dirençli bakteri türlerinin çoğalmasından dolayı bu konuda araştırmalar sürmektedir.
Ağustos 2006'da ABD Gıda ve İlaç İdaresi (Food and Drug Admnistration) bazı etlerde Listeria monocytogenes bakterisinin öldürülmesi için bakteryofaj kullanımını onaylamıştır.

Model Bakteriyofajlar
Aşağıda ayrıntılı olarak üzerinde çalışılmış olan bakteryofajların bir listesi bulunmaktadır:

* λ faj
* T4 fajı
* T7 fajı
* R17 fajı
* M13 fajı
* MS2 fajı
* P1 fajı
* P2 fajı
* N4 fajı
* Φ6 fajı
* Ф29 fajı

BAKTERİYOFAJ
Bakterileri enfekte eden virüslere bakteriyofaj adı verilir. Genel yapı olarak DNA veya RNA’den oluşan genetik materyal, onun çevresini kaplayan protein zar ve bakterilere tutunup genetik materyalini enjekte etmesine yardımcı olan proteinden yapılmış kuyruk bölümünden meydana gelmiştir. Bir bakteriyofaj sadece bir veya birkaç bakteri türünü enfekte edebilmektedir. Mesela “Coliphage” DNA içeren bir virüstür ve sadece Escherichia coli bakterisini enfekte edebilir.

Virüslerde genetik materyal virüs içinde çok sıkıca paketlenmiştir. Yine bakteriyofajların biri olan Bakteriyofaj l’nın 55nm (55x10-9 m) çapındaki faj başında, 16500 nm (16500x10-9m) uzunluğunda çift sarmal DNA molekülü paketlenmiştir. Biyokimyacılar şimdiye kadar bu kadar küçük bir yere bu kadar uzun DNA’nın nasıl sığdırıldığına dair değişik teoriler öne sürseler de henüz bu işin sırrı çözülememişdir.

Virüsün içinde DNA veya RNA den başka virüs içi faaliyet gösteren hiç bir yapı veya organel yoktur. Değişik ortamlarda cansız gibi kristal bir yapıda dolaşırlar. Bu özellikleri nedeni ile canlı olup olmadıkları bazılarınca tartışılan Allah’ın garip mahlukatlarından biridir virüsler.

Bakteriyofajların cansız gibi etrafta gezmeleri hedeflerinde olan bakteriye varıncaya kadar sürer. Hedeflerindeki bakteriye ulaştıkları anda kuyruk kısımları ile bakteriye tutunur ve kendi DNA’larını bakteriye enjekte ederler. Faj DNA’sı bakteri içinde kontrolü ele alır ve bakterinin organellerini ve maddelerini kullanarak yeni fajlar üretir. Bakteri adeta virus fabrikasina dönüşür. Daha sonra bu virüsler bakteriyi patlatarak etrafa yeni bakteriler bulmak için dağılırlar. Yaklaşık 30 dakika içerisinde fajın enfekte ettiği bakteride 200 faj üretilir. Bu fajlardan her biri başka bakterileri enfekte ederek 30 dakika içinde 200’er faj daha üretirler. Böylece hemen ikinci nesil sonunda 40 000 faj elde edilmiş olur. Bu sayı üçüncü nesilde 8 milyon ve dördüncü nesilde ise 1.6 trilyona ulaşır. Bu muhteşem çoğalma hızları ve sayıları ile dünyamızın her tarafını kuşatmış durumdadırlar.

Teşekkürler ...

Paylaştığın İçin Teşekkür Ederim.

Teşekkürler..